住宅ローン再生では住宅ローンだけ優遇して不公平ではないのでしょうか。
「不公平扱い」が認められている理由は,「住宅を守るニーズが高いため」です。

住宅資金特別条項付き民事再生の趣旨は,住宅を守る必要性ということになります。
ちなみに,自動車ローンなど,他のローンでは優遇措置,つまり民事再生から除外することはできません。
このような制度がある理由は,政策的なものとしか言いようがありません。
住宅だけに優遇措置があって,他の財産はそのような制度がないので,制度自体が不公平だ,という考えもあります。
いずれにしましても,現行法として利用できるものです。
利用条件に当てはまる場合は,フル活用すると良いでしょう。